第1章　微生物ってどんな生き物？

• どこもかしこも微生物
• ものすごくたくさんいる微生物
• ウイルスは生き物ではない？
• 身近な細菌のすがたと構造
• 菌糸を伸ばして増えるカビ
• キノコは植物よりヒトに近い生き物
• 真核生物の“はぐれ者”、原生動物
• ヒトは微生物のかたまり
• 葉緑体なしで光合成する微生物
• もともと細菌だったミトコンドリア
• 進化のナゾを解く鍵、古細菌
• 微生物を“発見”した偉人たち
• 微生物学を発展させる顕微鏡の歴史
• 微生物を培養する4ステップ
• コラム　ノーベル賞をもらった微生物

第2章　食べ物をおいしくする微生物

• パンをふわふわにする酵母
  • サッカロミセス・セレビシエ
• 牛乳をヨーグルトにする細菌コンビ
  • ラクトバチルス・ブルガリスク
  • スプレプトコッカス・サーモフィルス
• 大豆から納豆をつくる細菌
  • 納豆菌（バチルス・サブチリス・ナットー）
• 和食文化を支えるカビ
  • アスペルギルス・オリゼー
• アルコールを酢にする細菌
  • アセトバクター・アセチ
• 味噌と醤油をつくる2種の微生物
  • ジゴサッカロマイセス・ルキシー
  • テトラジェノコッカス・ハロフィルス
• 漬物をつくる乳酸菌たち
  • ラクトバチルス・プランタルム
  • ロイコノストック・メセンテロイデス
• おいしいチーズをつくる2種の細菌
  • ラクトコッカス・ラクチス
  • プロピオニバクテリウム・フロイデンライシイ
• ワインとビールをつくる酵母たち
  • サッカロミセス・バヤヌス
  • サッカロミセス・パストリアヌス
• だしをとるかつお節をつくるカビ
  • ユーロチウム・ハーバリオラム
• 魚が持つ酵素でつくる魚醤油
• 世界のくさ～い発酵食品
• コラム　麹菌はなぜ「国菌」になったの？

第3章　健康に役立つ微生物

• ヒトの腸内環境を整える細菌
  • ビフィドバクテリウム・ビフィダム
• うんちと腸内細菌のいい関係
• 腸内細菌の仲間たち
• むし歯の原因となる細菌
  • ストレプトコッカス・ミュータンス
• からだの調子を整える機能性食品
• 抗生物質をつくる身近なアオカビ
  • ペニシリウム・クリソゲナム
• ビタミンをつくる微生物たち
• ゲノム編集に利用される細菌
  • ストレプトコッカス・ピオゲネス
• 土壌微生物の仲間、放線菌
  • ストレプトマイセス・アベルメクチニウス
• 尿のにおいでがんを見つける線虫
  • カエノラブディティス・エレガンス
• コラム　遺伝子っ組換えは安全・安心？

第4章　産業を生む微生物

• バイオエタノールをつくる微生物たち
• 生分解性プラスチックをつくる2種の細菌
  • バチルス・メガテリウム
  • ラクトバチルス・デルブルッキー
• 植物と動物の性質をもつ藻類
  • ユーグレナ・グラシリス
• 電流をつくる細菌たち
• 金属を食べて集める微生物たち
• コンクリートのひび割れを直す微生物たち
• 洗剤をパワーアップ！　微生物の酵素
• 種なしブドウの生みの親
  • ジベレラ・フジクロイ
• グルタミン酸を大量生産する細菌
  • コリネバクテリウム・グルタミカム
• コラム　金塊を生み出す微生物

第5章　環境をよくする微生物

• 豊かな土壌をつくる微生物
• 植物と生きる微生物たち
  • シリノゾビウム・メリロッティ
  • リゾファガス・イレギュラーリス
• 海の中で生きる小さな藻類
  • シンビオディニウム属
  • ゲフィロカプサ・オーシャニカ
• うんちからエネルギーを生むメタン発酵
• ゴミを肥料にする細菌たち
• 環境にいい水素をつくる微生物
  • クレブシエラ・アエロゲネス
• 効き目バツグン！　微生物農薬
  • バチルス・チューリンゲンシス
  • ミヤコカブリダニ
• 人間が汚した環境を戻す微生物