Yahoo!はOSとしてFreeBSDを採用し、PHPやMySQL自体の開発者が在籍していることで有名です。Yahoo!のMichael J. Radwin氏は下記URLにてカンファレンスでの発表資料を公開しており、そこにはYahoo!の開発環境が詳しく紹介されています。Apacheは1.3ベースで独自チューニングを施している、PHPは独自Extensionをたくさん開発しているなどのほか、一般に参考になる情報も多くあります。
URL:http://public.yahoo.com/~radwin/