第１章　ウイルスとは何か

１．　ウイルスの基本的な構造

• ウイルスは生物ではない
• ウイルスの基本構造

２．　ウイルスの感染と生活環

• リボソームの大切さ
• リボソームを利用するためには
• その１・吸着と侵入
• その２・脱殻
• その３・合成
• その４・成熟と放出

３．　ウイルスの分類

• ＤＮＡウイルス
• ＲＮＡウイルス
• レトロウイルス

４．　ウイルスの進化

• ミュラーの歯止め装置
• ウイルスの進化に関する四つの仮説

第２章　ＲＮＡウイルスの進化史

１．　　ＲＮＡヴィローム仮説

• ＲＮＡヴィローム
• ＲＮＡウイルスは単系統

２．　カプシドのないＲＮＡウイルスの進化

• 遺伝子すらないウイロイド
• ミトウイルス
• ミトウイルスの進化

３．　インフルエンザウイルスの進化

• インフルエンザウイルス
• 二本鎖から受け継いだＲＮＡの分節化
• 多細胞化とウイルスゲノムの分節化
• インフルエンザウイルスが水鳥を自然宿主とする理由

４．　蚊が媒介するウイルスの進化

• 蚊媒介感染症の原因ウイルス
• 宿主といってもいろいろある
• 哺乳類と昆虫類を往復する進化的意義

５．　エボラウイルスの進化

• エボラウイルス
• ミミズ状構造はなぜ生じたか

６．　コロナウイルスの進化

• コロナウイルスの遺伝的な特徴
• コロナウイルスの進化はどう起こった？
• コロナウイルスと羊膜類（なかでも恒温動物）との関係
• 相同組換えによる変異
• 新型コロナウイルスの変異について（余談）

第３章　ＤＮＡウイルスの進化

１．　原核生物ウイルスの進化

• 注射器としてのバクテリオファージ
• アーキアウイルスの進化

２．　ヘルペスウイルスの進化

• ヘルペスウイルス
• 小胞体に守られたヘルペスウイルス

３．　「膜あり」ウイルスの進化

• 核細胞質性ウイルス門
• 巨大ウイルスへ興味が向いた理由
• 核細胞質性ウイルスの進化
• ＭＡＰＩとＰＡＭ

４．　ミミウイルスの進化

• ミミウイルスとミトコンドリアは「きょうだい」？
• ミミウイルスの進化と真核生物
• 食作用の進化とウイルス
• ミミウイルスにとってはその方がよかった
• スターゲート構造はいかにして生まれたか

５．　メドゥーサウイルスの進化

• メドゥーサウイルスの発見
• メドゥーサウイルスがもつ興味深い遺伝子の特徴
• メドゥーサウイルスの複製戦略

６．　パンドラウイルスの進化

• パンドラウイルス
• パンドラウイルスの複製戦略
• ウイルスが大きくなると

第４章　レトロウイルスの進化史

１．　レトロウイルスの進化

• レトロウイルス
• レトロウイルスの進化
• レトロウイルス側の事情

２．　免疫不全ウイルスの進化

• 免疫不全ウイルス
• 免疫不全ウイルスの戦略は成功したのか？

３．　内在性レトロウイルスの進化

• 内在性レトロウイルス
• 内在性レトロウイルス由来の遺伝子の進化
• シンシチン遺伝子の進化
• コアラレトロウイルスの内在化，現在進行中
• レトロトランスポゾン
• Sushi-ichi レトロトランスポゾン

第５章　ウイルスの起源

１．　化学進化と「ウイルスもどき」

• ＲＮＡワールド
• リボザイムとしてのＲＮＡポリメラーゼの進化
• ウイルスもどきを含む閉じた空間

２．　細胞の誕生

• ＲＮＡからＤＮＡへの進化
• ＲＮＡポリメラーゼから逆転写酵素が進化した
• 細胞の誕生
• ウイルスで開発されたＤＮＡ，バクテリアに入る

３．　ＲＮＡウイルス，誕生

• 太古のバクテリアはトランスポゾンをもっていた
• カプシドの進化
• きっかけはなかったのか？

４．　ＲＮＡウイルスの多様化

• ＲＮＡウイルスの事情
• 真核細胞の誕生と細胞内膜系
• ＲＮＡウイルスと生物のいたちごっこ

５．　ＤＮＡウイルス，誕生

• 地球最初のＤＮＡウイルス
• ゲノムを包むのに何が最も有効か
• 困ったウイルスがつくり出したシステム
• ポリントン仮説
• 「膜なし」ウイルスの起源
• 改めて，「膜なし」ウイルスの起源を妄想してみよう